ב-1992 נסתיימו נישואיו למיה פארו, לאחר שזו גילתה שהוא מקיים רומן עם בתה המאומצת סון יי שגדלה למעשה גם כבתו. טענותיה דאז של מיה פארו, שאלן הטריד מינית את דילן, בתם המאומצת בת ה-7, נדחו באין ראיות.

 

הבוקר הניו יורק טיימס פרסם מכתב מטעמה של דילן פארו, בתם המאומצת של אלן (78) ופארו (68), ובו היא מעידה על מסכת של התעללויות וניצול מיני מצד הבמאי. מקרה אחד ספציפי בו מתמקדת דילן, מעורר צמרמורת במיוחד: היא סיפרה כי בגיל שבע, אלן ביצע בה מעשים מגונים בעליית הגג בביתו, בעודה משחקת ברכבת צעצוע. "חשבתי שכך הורים מטפלים בבנותיהם. אבל מה שהוא עשה בעליית הגג הרגיש שונה. לא יכולתי לשמור את הסוד הזה יותר".